Biologie moléculaire

Introduction

Actuellement l'utilisation du réseau est absolument vitale pour les biologistes qui clonent de nouveaux gènes et désirent savoir si la séquence de DNA qu'il ont pêchée correspond à quelque chose de déjà connu. En effet, il existe deux grandes banques de données qui récoltent la séquence de tous les gènes clonés. La comparaison de la séquence d'intérêt contre celles contenues dans les banques permet de savoir si notre séquence à une homologie avec un gène connu, et, par extrapolation, d'en deviner la fonction.

L'avènement du Web et l'utilisation des "forms" permet par un simple copier-coller de soumettre une séquence d'intérêt à un serveur fournissant un service de comparaison de séquence et d'obtenir le résultat de la recherche par e-mail ou directement on-line si l'on a un peu de patience.

L'image animée ci-dessus représente la structure 3D de la double hélice de l'ADN. Elle est tirée du site "Biocomputing for Everyone" développé, entre autre, par George Fuellen de l'Uni de Bielefeld.

Serveurs WWW -Biologie Moléculaire

bibliographic informations

• Medline Molecular Genetic subgroup (about 700'000 articles)

to find informations on molecular biology related sites

• Pedro's BioMolecular Research Tools, one of the most comprehensive site
• This Molecular Biology and BioInformations-WWW sampler was assembled to allow users quick access to interesting WWW services without searching through hundreds of HyperMedia links
• The BioCatalog is a software directory of general interest in molecular biology and genetics
• The Swiss node of the electronic network of EMBL

to find informations on biosciences

• Harvard links
• Biology server index
• The BIOSCIENCE home page where you can read the Bionet News

to find and retrieve sequences

• Nentrez home page is the BEST site to retrieve sequences. Three databases (Medline, DNA, protein) are linked together.
• The Network Browser for Databanks in Molecular Biology, over 30 libraries can be searched at EBI, an outstation of EMBL dedicated to bioinformatic.
• Expasy, the home page for Swissprot: to retrieve first a protein sequence, and then following links you can retireve the DNA sequence, Medline related papers, protein structure if known, 3D image and more.
• Serching OWL, a non redundant protein database

to perfom similarity searches

• BCM Search Launcher at Baylor College of Medecine: the purpose of BCM is to organize molecular biology-related search and analysis services available on the WWW by function, and to provide a single point-of-entry for related searches. Very good comparison tolls, especially BEAUTY.
• The European Bioinformatics Institute (EBI) offers a very fast and sensitive comparison service:BLITZ. BLITZ answers the question:which sequences in the database are most similar (or contain the most similar regions) to my query sequence. The result is returned by e-mail.
• The Computational Biochemistry Research Group Server (CBRG) at the ETH in Zürich: developped their owned programs, sequence phylogeny trees.

genome related servers

• GDB Genome Database Center, this is also the entry point for OMIM -- Online Mendelian Inheritance in Man, a cataloque of mendelian inherited diseases in man. You can find all links to other genome related servers