Tout commence en Espagne. Esteban est un enfant populaire, car il a le pouvoir de chasser les nuages. A la mort de son tuteur, Mendoza vient le trouver: c'est lui qui l'a sauvé quand il était enfant et pour le lui prouver, il lui montre un morceau du médaillon qu'il porte autour du cou. Mendoz propose alors à Esteban de partir vers le nouveau monde, en lui laissant supposer que son père n'est peut-être pas mort noyé. En fait, c'est aux trésors des incas que Mendoza en veut. Mendoza embarque alors Esteban sur l'Esperanza, ou il avait déjà emprisonné Zia qui deviendra l'amie d'Esteban. Elle aussi possède un médaillon identique à celui d'Estéban. De plus, elle sait déchiffrer les quipus. Elle lui sera donc très utile dans qa quête de l'or. A bord, on rencontre les permiers "petits" méchants de l'histoire: Gaspard et Gomez qui en veulent à la popularité de Mendoza à bord, et ne voient pas l'intérêt de la présence d'Esteban. Pris dans une tempête, le bateau finit par couler et c'est sur un radeau de fortune que Esteban, Zia, Mendoza et ses 2 compagnons: Sancho et Pedro s'échappent. Ils arrivent sur une île où à la nuit tombée, Zia est kidnappée par une créature... un genre de serpent à plumes qui l'emmène dans une barque. C'est à la nage qu'Estéban suit la barque. Arrivé sur une île, Estéban tombe sur un grand arbre sur lequel ont été construites de nombreuses cabanes. Il retrouve Zia et fait la connaissance de Tao, jeune indigène descendant du peuple de Mû. D'abord méfiant, ce dernier lui donne à manger quand il apprend son exploi: avoir traversé à la nage, et le reconnait comme celui dont parlait la légende. Tao s'intéresse aux objets dérobés à Mendoza et prend peur devant le pistolet. Il emmène alors immédiatement Zia dans une grotte à l'extrémité de son île qui ressemble à un croissant de Lune. Là-bas, il montre un quipus à Zia: elle le déchiffre: "Quand le tonnerre retentira dans les profondeurs de la Terre, le vaisseau Solaris renaîtra dans les mers". Esteban, Mendoza, Sancho et Pedro (qui sont arrivés) les rejoignent. Tao qui ne leur fait pas confiance relâche le monstre du temple: un énorme iguane. Mendozza sort son pistolet et tire: la déflagration résonne sur les parois du temple sous-terrain, et ressemble au tonnerre... Les mmurs se fissurent et sans l'intervention de Mendozza, Tao serait mort écrasé par un rocher. Et toute une partie de l'île est engloutie, en relâchant le splendide bateau: Solaris. Nos amis partent donc à bord du Solaris. Mais un autre bateau les rattrappe: à son bord il y a Gomez et Gaspard. Esteban pense alors qu'au fond de la câle, il y a une pièce renfermant un grand cube brillant. Ca l'intrigue... Mendozza pense y trouver des armes pour combattre mais n'arrive pas à entamer la paroi. Esteban remarque que sur l'une des parois du cube, il y a un genre de manette en frme de serpent. L'actionnant et actionnant aussi une manette identique à l'intérieur, la voile du Solaris est remplacée par une voile métallique concentrant l'énergie solaire. Grâce à cette énergie, un moteur actionne des centaines de rames, et le Solaris distance ses assaillants en un rien de temps. A peine accostés sur le nouveau continent, nos héros rencontre le gouverneur Pizzaro qui est très intéressé par Zia à qui il veut faire déchiffrer un quipu. Il jette Esteban et Tao en prison, alors que Mendozza sauve sa peau en lui disant qu'il lui a bien apporté Zia comme prévu.La nuit, Mendoza met le feu à la poudrière et fait échapper nos amis qui regagnent le pont du Solaris. Mais le bateau de Gomez et Gaspard barre la route à nos amis. Estéban actionne alors (au hasard) un levier qui ouvre la voile supérieur: l'énergie solaire s'y concentre et un rayon part mettre le feu au bateau ennemi. Un village inca proche est en feu. Nos amis débarquent pour aller les aider, et pendant ce temps Gomez et Gaspard arrivent avec leur bateau et leur empêche tout retraite. Ils demandent Zia. Pendant ce temps, Tao habilement dissimulé repart à la nage vers son bateau. Une fois à bord, il recueille Zia qui a sauté du bateau ennemi. Mais que peuvent-ils faire? Ils sont trop prêts pour utiliser l'arme solaire. Zia décide alors de déclencher le mécanisme d'auto-destruction du bateau: l'explosion détruira l'autre bateau en même temps. Et c'est la mort dans l'âme que Tao obéit. Mais maintenant, il y a un problème: la seule route allant vers le sud est contrôlée par les espagnols. Nos amis apprennent alors qu'il y a sous le fort un temple, contrôlé par le sage Pacha. Une fois là-bas, Pacha leur montre un passage secret pour traverser, mais hélas, l'ouverture du passage secret entraîne la destruction du temple et la mort de Pacha qui ne veut pas quitter son temple. Les enfants sont refaits prisionniers par Gomez et Gaspard. A la nuit tombée, 2 personnages vêtus de peaux de bêtes: Waïna et Ketcha les libèrent et les emmènent vers le vieux pic, censé se trouver proche de la cité d'or d'après ce qui était écrit sur le quipu de Pizzaro. En chemin, ils se réfugient au fort de l'aigle noir, dirigé par Yupanki. Repartis pour le vieux pic, ils y sont reçu par le chef: Kraka qui remarque aussitôt qu'ils sont en possession des 2 clefs de la cité d'or de Tseila: les médaillons du soleil. Le vieux sage Mayuca leur révèle une légende: "A l'endroit où se croisent Koyolite et le soleil, renaitra la cité d'or" Tao a vite fait de comprendre grâce à ses connaissances astronomiques: cela ne se produit qu'une fois par an, aus sud du vieux pic et c'est pour bientôt. Mais pour cela, il faut récupérer la moitié manquante du médaillon d'Esteban que détient toujours Mendoza. De son côté, Mendoza a dérobé le canon des espagnols et le livre au chef de l'aigle noir. Mais ce dernier, méfiant organise un peloton d'exécution. Esteban arrive et le sauve, en lui demandant quand même son médaillon. Repartis vers la cité d'or, nos héros sont attaqués par lesUrubus, hommes géants vêtus de peaux d'ours. Ils sauvent Lana, jeune fille que les Urubus destinaient au sacrifice et la rendent à son village. Mais les Urubus attaquent. Grâce à l'ingéniosité de Tao, le chef est capturé et promet de ne plus attaquer le village. Nos amis repartent vers la cité d'or. En chemin, ils retrouvent le chef des Urubus, épuisé et assoiffé. Il a été chassé par sa tribu pour avoir échoué. Esteban lui donne à boire et en retour, il leur conseille de se presser car les siens veulent les attaquer. Au coucher du soleil, les enfants aperçoivent qu'il y a comme une étoile qui brille dans la montagne. S'en rapprochant, ils y découvrent une statue. En plaçant leurs médaillons dans les seins de la statue, tout un pan de la montagne coulisse et ouvre les portes de la cité d'or qui en fait après le coucher du soleil se révèle n'être que de pierre. Dans le temps central de la cité se trouve une représentation du soleil. En la détachant du mur, Esteban déclenche un mécanisme qui fait surgir un immense oiseau d'or. Mais, Sancho et Pedro ont découvert que la cité est nichée au centre d'un volcan qui est sur le point d'entrer en éruption. Se voyant toute retraite coupée par les Urubus, nos amis se réfugient dans le condor. Qui est sans dommage projetté dans les airs par l'explosion, mais menace alors de s'écraser. Esteban intrigué par une forme creuse complémentaire de l'emblême du soleil, l'y place. Le grand Condor déploie alors ses ailes.Se dirigeant vers la pays inca, le condor survole la jungle amazonienne. Mais traversant un orage, le condor se trouve privé de son énergie et tombe à pic. Faits prisionniers par les amazones, la prêtresse du dieu de la pluie Omouro veut les offrir en sacrifice. Mais Esteban utilise son pouvoir et appelle le soleil. La reine les prend alors sous sa protection. Tao découvre que Omouro utilise une machine du peuple de Mû pour prévoir les orages en mesurant la pression atmosphérique. En truquant la machine, il la discrédite complètement aux yeux de sa tribu. Elle part chercher la tribu adverse. Esteban propose alors a la rein de l'aider si elle redonne de l'énergie au grand condor, ce qu'elle fait en réfléchissant le soleil grâce à un grand miroir. Esteban coule alors la tribu advers en piquant en rasemotte et repart avec ses amis vers les cités d'or.Atteignant la mer, le grand condor semble attiré par un arc-en-ciel, puis pique vers le sol pour atterrir au fond d'un puits, révélant un escalier dans la paroi. Nos amis découvrent au bout de l'escalier une cité en ruine. Ils trouvent une salle dont un des murs raconte l'histoire des cités d'or. Mais, Sancho et Pédro, plus cupides que jamais remarquent un masque de jade vert et essayent de le voler. Par là même, ils déclenchent un mécanisme qui détruit les inscriptions sur le mur et en fait sortir d'énormes blocs de pierre qui manquent d'écraser nos amis qui s'échappent à temps. Le lendemain, Tao veut retourner dans cette salle car d'après lui c'est le masque qui contient la clef du mystère. Et effectivement en obéissant aux instructions gravées dans les yeux du masque ils ouvrent une salle où ils trouvent la moitié d'un parchemin. De reoutr à la surface, ils découvrent que les 3 espagnols ont été faits prisionniers par Marinché (une inca) et le docteur Fernando Laguerra. Ils se voient forcés de leur remettre le parchemin, mais ils réussissent à la récupérer (avec en prime la 2ème partie que conservaient ces 2 méchants) et à s'enfuir tous ensemble. Plus bas, ils retrouvent Marinché et le docteur au fond d'un précipice. Alors qu'ils sont attaqués par un aigle, le docteur l'abat, mais demande alors à être secouru. Ils utilisent alors Marinchée qui connaît bien la région puisque le parchemin précise de se diriger vers la grande prairie. Une fois là-bas, Marinchée se dit fatiguée et reste avec le docteur alors que nos héros continuent. Elle savait ce qu'elle fesait: cette prairie est en fait un marécage infesté de crocodiles. Elle espère ainsi passer quand les crocodiles seront "occupés". Heureusement, tout le monde s'en tire sain et sauf. A nouveau faits prisonniers par le docteur et Marinchée, ils sont conduits dans un temple ou Tao déchiffre des inscriptions: "face au soleil, les portes de la nuit s'ouvrent" Esteban dirige alors son médaillon vers la statue, ouvrant les portes d'une salle contenant un nouveau parchemin. Mais, en voulant le récupérer, le docteur et Marinchée tombent dans une trappe et c'est le perroquet de Tao: Picchu qui va récupérer le parchemin. Le 2ème parchemin précisait qu'avec les 3 parchemins, on connaissait l'emplacement des cités d'or. Nos amis trouveront le 3ème parchemin dans une cité souterraine. Mais, la traduction de Tao ne veut rien dire... Esteban a alors l'idée de mouiller les parchemins: certaines lettres s'effacent alors que d'autre non, et forment ainsi une nouvelle phrase: il faut trouver le bouclier fumant.Continuant leur marche dans la jungle, ils trouvent une montagne pointue qui émet de la lumière et fait réagir le vase de Tao. Pensant avoir trouvé le bouclier fumant ils pénètrent dans la montagne pour y trouver des installations très sophistiquées, actionnées par les Olmèques, tribu de vieillards simiesques. Les héros sont capturés par les Olmèques, dont le maître: Ménator s'intéresse beaucoup aux enfants. Grâce à leurs cellules jeunes, il veut rescussiter les élus de son peuple qui sont pour le moment congelés. Il veut congeler les enfants. Une jeune esclave prisonnière des Olmèques, Maïna, délivre Mendoza et lui explique la situation. Ce dernier en actionnant tous les manettes qu'il trouve sur son passage trouble le fonctionnement de la tour de cristal qui alimente en énergie tout le base Olmèque et en profite pour s'échapper avec nos amis. Dehors, ils sont recueillis par la tribu de Maïna. Mais Viracocha ne leur fait pas confiance et les emprisonne. Pendant ce temps, Marinchée et le docteur arrivés à la base Olmèque révèlent à leur chef la présence du grand condor dans le puits près des ruines. Les expériences des Olmèques nécessitant beaucoup d'or, ils s'y rendent. De leur cellule, les enfants entendent les mayas parler du condor et s'enfuient. Ils croisent Gaspard et Gomez en chemin, qui leur propose de les aider. Ils effraient les Olmèques pendant que les enfants se faufilent dans le condor. Et les enfants s'envolent en laissant "lâchement" Gaspard et Gomez sur place. De retour au village du nouveau soleil, Zia reconnait que le chef du villagen blessé par une flèche Olmèque est son père. Il révèle alors avant de mourir, l'emplacement des cités d'or: à l'intersection des diagonales entre les 3 cités en ruine et la base Olmèque.Les enfants aident les maias à combattre les olmèques grâce au condor. Atterrissant sur la base Olmèque, ils y retrouvent Gaspard et Gomez qui les forcent à y pénétrer, en pensant qu'une cité d'or s'y trouve. A l'intérieur, Ménator apparait en hologramme et raconte l'histoire de son peuple: Tao remarque que c'est exactement celle du sien: le peuple de Mu. Après le grand cataclysme, les survivants de son peuple se sont réfugiés sous la terre. Mais ils devinrent stériles. Donc, désormais, ils recherchent la vie éternelle, qu'ils ne pourront obtenir que grâce au grand héritage, contenu dans la cité d'or. Ménator devinant que les enfants connaissent l'emplacement des cités d'or prend Zia en otage. Esteban lui révèle l'emplacement, mais il ne relâche pas Zia pour autant. Ménator s'envole à bord d'une machine volante. Esteban, Tao et Mendoza suivent la machine à bord du condor. Se plaçant au-dessus de leur machine, Esteban et Tao sautent sur le toit, pendant que Mendoza pose le condor en catastrophe. Tao se rend dans la salle de contrôle et manipule la machine assez maladroitement, pendant qu'Esteban part délivrer Zia. Se trouvant pris au piège, ils sautent tous 2 dans le lac. Esteban etZia reprennent connaissance dans un lit. Un étranger à leur chevet se révèle être le grand prêtre des cités d'or. Mais, dehors, les Olmèques ont trouvé la porte des cités d'or. Pour convaincre les enfants d'utiliser les médaillons et d'ouvrir la porte des cités d'or, Ménator s'amuse en balançant Tao au bout d'une corde. Esteban cède. En chemin, le grand prêtre leur explique la responsabilité qu'ils portent: les royaumes de Mû et de l'Atlantide se sont déclarés la guerre. Quand ils ont tous 2 utilisé l'arme solaire, leurs continents respectifs ont été engloutis. Mais, le sage empereur de Mû, ayant prévu la destruction de son empire avait fait construire 7 cités d'or en lesquelles il avait fait enfermer l'arme solaire pour que les peuples futurs l'utilisent avec plus de sagesse. Plaçant leurs pendentifs dans la porte, Esteban et Zia ouvrirent les portes des cités d'or.Le général Calméque, commandant des Olmèques se dirige immédiatement vers le temple central. Il se voit barrer la route par le grand prêtre qui lui affirme que les Olmèques n'ont pas besoin d'utiliser la mauvaise force du soleil pour palier à la survie de leur race. Il lui offre le partage du savoir et l'entraide entre tous les peuples. Calmèque fait mine d'accepter mais le poignarde sournoisement. DAns la salle de contrôle, ils suit les instructions pour délivrer le grand héritage. Mais il déclenche un système de sécurité qui fiscure toute la montagne, révélant ainsi la cité d'or au grand jour. Des panneaux solaires se dressent alors autour de la cité, la machine Olmèque continuant de tournoyer au-dessus. Esteban appelle le soleil et toute sa lumière est concentrée au centre par les manneaux solaires et détruisent la machine Olmèque. Calmèque chercher désespérément son Maître Ménator parmi les décombres et s'enfuit avec lui, emportant le grand héritage. Les gardes de la cité viennent soigner le grand prêtre. Maïna rapporte à Tao son vase et le grand prêtre le reconnait. C'est une clef qui limite la puissance du grand héritage et l'empêche ainsi de trop chauffer. A la base Olmèque, Calmèque sous les directives de Ménator place le grand héritage sous la colonne centrale. Il l'active et la base se trouve remplie d'une énergie nouvelle. Mais, sans le vase de Tao, ce dernier chauffe trop et fait fondre son enceinte, fesant s'écrouler toute la base Olmèque, et commençant de s'enfoncer dans les profondeurs de la terre. Déjà autour de la base Olmèque, des gaz toxiques sont émis et empoisonnent les animaux. Le grand prêtre veut alors continuer seul. Pendant ce temps, Mendozza qui a mis un peu d'or de côté a remarqué que les gardes ne sont pas partis avec le prêtre. Les interrogeant, il apprend que le véritable grand prêtre est mort et que l'actuel est en fait le père d'Esteban. Esteban demande justement au grand prêtre ou est parti son père. Ce dernier lui répond qu'il a continué sa route. A l'intérieur de la base Olmèque, le grand prêtre saute dans le tunnel en laissant échapper le grand héritage, en laissant échapper une larme. Il extrait du grand héritage un tube de verre dans lequel il place le vase de Tao. Le grand héritage commence à se refroidir, mais hélas émet une dernière projection de lumière qui touche le grand prêtre au visage, lui arrachant son masque d'or qui fond instantanément en touchant le sol. Avec l'or amassé par Mendozza, Sancho et Pedro veulent retourner à Barcelonne. De leur côté, Esteban, Zia et Tao partent vers la mer de l'ouest à la recherche des 6 autres cités d'or, et le condor se fond sur le soleil couchant.